Mengacu pada visi dan misi sekolah, Tujuan SMP Negeri 3 Kepanjen  sebagai berikut:

1. Menciptakan Lingkungan Sekolah yang Aman dan Nyaman.
2. Meningkatkan Kesejahteraan Psikologis dan Emosional Siswa.
3. Mengintegrasikan Pendidikan Karakter dan Nilai-Nilai Kemanusiaan.
4. Mengintegrasikan Literasi pada kegiatan Pembelajaran.
5. Menyediakan Fasilitas dan Sumber Daya untuk MendukungLiterasi.
6. Mengembangkan Program Literasi Digital.
7. Mengembangkan Lingkungan Sekolah yang mendukung Prestasi melalui Moto Sekolah “Jadilah Yang Pertama atau Jadilah Yang Terbaik”.
8. Meningkatkan Kualitas Pembelajaran dan Hasil Belajar Siswa.
9. Meningkatkan Program Ekstrakurikuler yang menarik, unggul,dan bermanfaat.
10. Menciptakan Budaya Sekolah yang Mendukung Kesehatan Fisik dan Mental.
11. Membangun Kemitraan dengan Lembaga Kesehatan dan Komunitas.
12. Menciptakan Budaya Sekolah yang Peduli Lingkungan.
13. Mengelola Sampah dengan Baik
14. Mengintegrasikan Pendidikan Anti Korupsi dalam Kurikulum.
15. Menciptakan Budaya Sekolah yang Berintegritas.